Jõniškio spòrto mokyklà įkurta 1954. Kultivuojama krepšinis, futbolas, žolės riedulys, graikų-romėnų imtynės, lengvoji atletika, stalo tenisas. Dirba 14 trenerių, treniruojasi apie 300 sportininkų (2008). Geriausių rezultatų pasiekė graikų-romėnų imtynininkai (treneris V. Audickas). Žymesnieji auklėtiniai: krepšininkė Z. Bareikytė (treneris F. Žardeckas) – 6 kartus Lietuvos čempionė, SSRS čempionatų bronzos medalininkė (1969, 1971, 1972), Europos čempionė (1968), imtynininkai – Lietuvos čempionai L. Adomaitis (2005 Europos čempionato ir 2006 universiados bronzos medalininkas), A. Audickas, E. Bagužas, jaunimo čempionai V. Adomaitis, R. Aukselis, E. Mačerinskas, L. Nemeikšis, E. Pociūnas, A. Putna, D. Stankaitis, V. Šidlauskas, B. Keršys (treneris R. Keršys), lengvaatlečiai – 1974 Lietuvos 800 m bėgimo čempionas M. Kulbis (treneris S. Adomavičius), V. Alsys (sprintas, treneris D. Milaknis), G. Petryla (šuolis į aukštį, treneris E. Keršys), stalo tenisininkai – A. Kapitančukas (treneris R. Franckaitis), 2003 Lietuvos stalo teniso čempionato vyrų dvejeto varžybų ir jaunimo sporto žaidynių sidabro medalininkas, M. Tamulionytė (su Kauno miesto komanda), 2007 aukščausios lygos komandinio stalo teniso čempionato laimėtoja, 2009 Pasaulio lietuvių sporto žaidynių bronzos medalininkė. Kiti, prie sportininkų nepaminėti, mokyklos treneriai: R. Keršis (graikų-romėnų imtynės), E. Keršys, D. Milaknis (lengvoji atletika), E. Juodas (futbolas), B. Žakimienė (žolės riedulys).
Mokyklos direktoriai: F. Žardeckas (1959–1965), S. Adomavičius (1966–1972), J. Jokūbaitis (1973–1979), V. Šlapokas (1980–1994), M. Paulauskas (1995–1996), V. Valiukas (1997–1999), T. Aleknavičius (2000–2003 ir nuo 2006), R. Franckaitis (2003–2006).
